社伝によれば天喜５年（１０５７）源頼義、義家の父子が、この地の大杉の梢高く源氏の 白旗をかかげて軍勢をつのり、石清水八幡に武運長久を祈ったところ、士気大いに奮い、 前九年の役に勝利をおさめたので、凱旋後、その分霊を勧請したのが、当社の創建と伝えられます。 　

 文治５年（１１８９）源頼朝もまた奥州征定の時、祖先の吉例にならい、白旗を立てて戦いでの勝利を祈願したので、建久２年（１１９１)梶原景時に命じて社殿を造営しました。 現在、社宝となっている雌獅子頭（めじしがしら）と境内に残る浄水石は、このとき頼朝が奉献し、神門前の太鼓橋は、景時が寄進したものといわれております。

天正１９年（１５９１）徳川家康は、神領として十八石を寄進する朱印状を発給し、慶長５年（１６００）には六郷大橋の竣功を祈って願文を奉り、また当社の神輿をもって渡初式を行ったと史書にみえます。当社が八幡宮の巴紋と併せて葵紋を用いているゆえんは、
ここにあります。　

江戸時代には、東海道をへだてた西側の宝朱院（御幡山建長寺）が別当寺でしたが、明治維新により廃され、明治５年（１８７２）東京府郷社に列格し、明治９年より六郷神社と称して今日に至っております。